Jan-Henning Stoffers studierte Volkswirtschaftslehre an der Universität Bonn und anschließend Betriebswirtschaftslehre mit Schwerpunkt Gesundheitsökonomie an der Universität Duisburg-Essen.
Sein Einstieg ins Gesundheitswesen erfolgte über das Traineeprogramm der AMEOS Gruppe in Zürich, das ihm umfassende Einblicke in das Krankenhaus-management bot. Im weiteren Berufsverlauf übernahm er zunehmend Führungsaufgaben – zunächst als Assistent im AMEOS Klinikum Bernburg, später als stellvertretender Krankenhausdirektor bei den AMEOS Klinika Bremerhaven Geestland und schließlich als alleinverantwortlicher Krankenhausdirektor im AMEOS Klinikum Alfeld sowie erneut in Bremerhaven.
Seit Oktober 2021 leitet er als geschäftsführender Verwaltungsdirektor das Ludmillenstift Meppen, wo er einen Standort mit 420 Planbetten und 20 Kliniken steuert. Seine Interessen liegen in der Familie und Sport – insbesondere Fußball und Fitness.